.updateOne su MongoDB non funziona in Node.js

Forse dovresti usare "$set" nella tua query di aggiornamento in questo modo:

{$set: {"name": req.body.name}}, // Update

Maggiori informazioni nella documentazione

MODIFICA

Se non funziona, è probabilmente perché non c'è corrispondenza con il tuo filtro.

Forse dovresti provare a abbinare un ObjectId come questo:

var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;

// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter

Spero che aiuti.