In realtà ho già risposto a questa domanda molto simile prima. Le limitazioni di Map Reduce in MongoDB sono state delineate in precedenza:come hai detto, è a thread singolo, deve essere convertito in Java Script (spidermonkey) e viceversa, ecc.
Ecco perché ci sono altre opzioni:
- Il connettore Hadoop MongoDB (ufficialmente supportato)
- Il Framework di aggregazione (richiede 2.1+)
Al momento della stesura di questo documento, il rilascio stabile 2.2.0 non era ancora uscito, ma dipendeva da RC2, quindi il rilascio dovrebbe essere imminente. Consiglierei di provarlo come confronto più significativo per questo tipo di test.