Prova $unset in una chiamata a update() .
In questo modo:
db.collection_name.update({ _id: 1234 }, { $unset : { description : 1} })
E, come ha commentato vikneshwar, se vuoi rimuovere un campo da tutti (o più) documenti puoi usare updateMany() così:
db.collection_name.updateMany({}, { $unset : { description : 1} })
