Come posso combinare più raccolte in un'unica raccolta utilizzando $lookup mongodb o nodejs mongodb?

Dovresti usare $skip e $limit per evitare questo errore. perché ottenere questo errore? devi leggere il link del commento di @Alex.

db.products.aggregate([ 
    {$skip:0},{$limit: 1000},
    {$lookup:{from:"productgroups", localField:"productgroupid", foreignField:"productgroupid", as:"group"}},
    {$lookup:{from:"category", localField:"categoryid", foreignField:"categoryid", as:"category"}},
    {$lookup:{from:"divisions", localField:"divisionid", foreignField:"divisionid", as:"division"}},
    {$project: {productpoint:1,productname:1,productcode:1,productid:1,group: { $arrayElemAt: [ "$group", 0 ]},
                category: { $arrayElemAt: [ "$category", 0 ]}, division: { $arrayElemAt: [ "$division", 0 ]} }} 
  ]);

{$skip:0},{$limit: 1000} // per l'iniziale e poi per la prossima volta dovrebbe saltare:1000, limit:1000 e così via. puoi ottenerlo da richiesta o utilizzando loop o mentre lo implementi.