MongoDB 3.2 (rilasciato a novembre 2015) offre un motore di archiviazione crittografato. Non è necessario utilizzare API di terze parti per crittografare i dati prima dell'inserimento o crittografare l'intera unità. Puoi trovare maggiori dettagli qui. Tuttavia, tieni presente che è disponibile solo per l'edizione Enterprise.
Funziona con il motore di archiviazione WiredTiger, che è stato incluso come alternativa al motore di archiviazione MMAPv1 predefinito dalla 3.0. Se il tuo database utilizza ancora MMAPv1, leggi questa guida per i passaggi per convertire un database da MMAPv1 a WiredTiger.
Come ha notato Fernando Paz nei commenti, l'archiviazione crittografata è disponibile solo nell'edizione MongoDB Enterprise.