Un dato database mongo è suddiviso in una serie di file BSON su disco, con dimensioni crescenti fino a 2 GB. BSON è il proprio formato, creato appositamente per MongoDB.
Queste diapositive dovrebbero rispondere a tutte le tue domande:
http://www.slideshare.net/mdirolf/inside-mongodb-the-internals-of-an-opensource-database
