Penso che ci sia un po' di confusione qui.
mongod è il "Mongo Daemon" è fondamentalmente il processo host per il database. Quando avvii mongod in pratica stai dicendo "avvia il processo MongoDB ed eseguilo in background" . mongod ha diversi parametri predefiniti, come la memorizzazione dei dati in /data/db e in esecuzione sulla porta 27017.
mongod è la shell della riga di comando che si connette a un'istanza specifica di mongod . Quando esegui mongod senza parametri, per impostazione predefinita si connette a localhost sulla porta 27017. Se esegui mongod contro una combinazione computer:porta non valida, non riuscirà a connettersi (e te lo dirà).
Idealmente, quando fai qualcosa di diverso dal semplice "giocare", utilizzerai i parametri della riga di comando per avviare mongod . Con la stessa misura dovresti iniziare il mongod shell con istruzioni esplicite.
Sulla base della tua descrizione, penso che potresti riscontrare un problema relativo all'uso dei database predefiniti. Prova ad avviare mongod con quanto segue (dove dbname è il nome del tuo database)
./mongo localhost:27017/dbname
