Hai provato ad aggiungere un'altra proiezione di inclusione? Penso che potresti essere in grado di aggiungere qualcosa di banale come foo:1 (che non è un campo reale) e dovrebbe funzionare.
Così:
{ 'countries' : { '$slice' : [0, 3] }, '_id' : 0, foo : 1 }
Se non funziona ti suggerisco di segnalare un bug con mongo. In realtà sono molto bravi a rispondere ai bug.