Mongodb - aggregazione $ push se condizionale

Puoi utilizzare "$$REMOVE" :

• Questa variabile di sistema è stata aggiunta nella versione 3.6 (mongodb docs)

db.collection.aggregate([{
   $group:{
       field: {
          $push: {
              $cond:[
                { $gt: ["$A", 0] },
                { id: "$_id", A:"$A" },
                "$$REMOVE"
            ]
          }
        },
        secondField:{ $push: "$B" }
    }
])

In questo modo non devi filtrare i null.