Se ho un ID documento mongo come stringa, come faccio a richiederlo come _id?

Vuoi dire che hai la stringa di 24 cifre esadecimali di un ObjectId?

Supponendo che sia quello che intendi, la maggior parte dei driver ha un modo per prendere una stringa e convertirla in un ObjectId. In JavaScript è:

.find({_id:new ObjectId("4f91bfcfaa7c5687a0c686d4")})

Aggiornato per essere un po' più utile per il driver nativo del nodo (dalla documentazione su https://github.com/christkv/node-mongodb-native):

// Get the objectID type
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;

var idString = '4e4e1638c85e808431000003';
collection.findOne({_id: new ObjectID(idString)}, console.log)  // ok
collection.findOne({_id: idString}, console.log)  // wrong! callback gets undefined