MongoDB non ha chiavi esterne (come avrai presumibilmente notato). Fondamentalmente la risposta è quindi:"Non lasciare che gli utenti manomettano le richieste. Lascia che l'applicazione inserisca solo dati che seguono le tue regole di integrità referenziale".
MongoDB è fantastico in molti modi... ma se trovi che hai bisogno di chiavi esterne, probabilmente non è la soluzione corretta al tuo problema.