Come inserire un elemento nell'elenco interno di MongoDB?

Un modo per farlo sarebbe con $push :

db.col.update(
    { name: 'doc', 'list.id': 2 }, 
    {$push: {'list.$.items': {id: 5, name: 'item5'}}}
)

https://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/push/

Puoi anche sostituire $push con altri operatori come (possibilmente) $addToSet per ottenere i risultati esatti che stai cercando.