MongoDB non supporta le chiavi con un punto al loro interno, quindi dovrai preelaborare il tuo file JSON per rimuoverlo/sostituirlo prima di importarlo o ti preparerai per ogni tipo di problema.
Non esiste una soluzione standard a questo problema, l'approccio migliore dipende troppo dalle specifiche della situazione. Ma eviterei qualsiasi approccio codificatore/decodificatore chiave, se possibile, poiché continuerai a pagare l'inconveniente in perpetuo, dove una ristrutturazione JSON sarebbe presumibilmente un costo una tantum.
