Esegui la seguente query:
SELECT 'UPDATE yourtable SET ' + name + ' = NULL WHERE ' + name + ' = '''';'
FROM syscolumns
WHERE id = object_id('yourtable')
AND isnullable = 1;
L'output di questa query sarà un pezzo di script SQL come questo:
UPDATE yourtable SET column1 = NULL WHERE column1 = '';
UPDATE yourtable SET column2 = NULL WHERE column2 = '';
UPDATE yourtable SET column3 = NULL WHERE column3 = '';
-- etc...
Copia e incolla lo script SQL in una nuova query ed eseguilo per aggiornare tutte le tue colonne.