Hai diverse opzioni:
Ognuno di questi approcci dovrebbe portare a termine il lavoro. Se è solo un lavoro da zero, potrebbe essere meglio scrivere un'app usa e getta nella tua lingua preferita solo per ottenere i dati. Se deve essere una soluzione di lunga durata, potresti voler esaminare SSIS o DTS poiché sono fatti per questo tipo di situazione.