Non vedo dove avrai molto successo esportando html in csv - non è davvero a cosa serve csv. Sarebbe meglio usare un formato xml, in cui il codice html può essere racchiuso in un elemento cdata.
Detto questo, puoi provare a utilizzare la funzione Sostituisci per rimuovere le interruzioni di riga e puoi aggiungere manualmente le virgolette, qualcosa del genere:
select '"' + replace (replace (html, char(10), ''), char(13), '') + '"'
Se il tuo valore html potesse contenere virgolette doppie, dovresti sfuggire a quelle.