Come esegui l'SQL?
SQL stesso non ha timeout, quindi quello che descrivi come un problema non è possibile.
Il timeout viene sempre gestito a livello di connessione/applicazione di connessione. SQL Server è felice di avere chiamate SQL che durano ore o giorni.
Quindi, a meno che tu non faccia qualcosa di "divertente" / insolito, le query all'interno dell'SP non scadranno:la connessione che chiama la procedura scadrà e quindi eseguirà il rollback della transazione.