Questo è un problema un po' più complesso, quindi ho voglia di pensare fino in fondo in questo momento, ma ti darò un'idea per iniziare e forse qualcun altro può aiutarti a completarlo...
Unisci il tavolo a se stesso in questo modo:
Select A.JobID, A.Sequence, Count(*)
from TheTable A join
TheTable B on A.JobID <> B.JobID and A.Sequence = B.Sequence
group by A.JobID
Non l'ho testato, quindi potrebbero esserci errori di battitura, ma si spera che tu abbia l'idea. Nota che ti stai unendo dove il lavoro non è lo stesso, ma la sequenza lo è.