EDIT:
--use locale English
select * from sys.dm_fts_parser('"12345,10"',1033,NULL,0)
--use locale Portuguese
select * from sys.dm_fts_parser('"12345,10"',2070,NULL,0)
AGGIORNAMENTO:va bene, sono riuscito a replicare il tuo scenario e sì, sembra essere un comportamento predefinito con SQL Server FTS. Tuttavia, sembra solo arrotondare per eccesso al decimo del numero più vicino (i 10 centavos più vicini nel tuo caso) e NON al numero intero più vicino.
Quindi per esempio; 12345,88 verrebbe restituito nelle ricerche di sia 12345,88 che 12345,9 , mentre 56789,98 apparirà nelle ricerche di 56789,98 e 56790. Tuttavia, un numero come 45678,60 rimarrà intatto senza arrotondamenti per eccesso o per difetto, quindi non è così male come pensi.
Tuttavia, non sono sicuro se c'è qualcosa che puoi fare per cambiare questo comportamento. Una rapida ricerca su Google non ha restituito nulla.