L'ho risolto aggiungendo le righe seguenti in App.config:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
e questo in Machine.config:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
Poiché questo processo richiede un tempo molto lungo, superiore a 10 minuti, ho scoperto che dovevo sovrascrivere questo valore con uno più alto.