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Disabilita tutti gli indici non cluster

Puoi creare le query in un'istruzione select, in questo modo:

DECLARE @sql AS VARCHAR(MAX)='';

SELECT @sql = @sql + 
'ALTER INDEX ' + sys.indexes.name + ' ON  ' + sys.objects.name + ' DISABLE;' +CHAR(13)+CHAR(10)
FROM 
    sys.indexes
JOIN 
    sys.objects 
    ON sys.indexes.object_id = sys.objects.object_id
WHERE sys.indexes.type_desc = 'NONCLUSTERED'
  AND sys.objects.type_desc = 'USER_TABLE';

EXEC(@sql);

I caratteri 13 e 10 sono i ritorni di avanzamento riga/carriage, quindi puoi controllare l'output sostituendo EXEC con PRINT e sarà più leggibile.