Puoi creare le query in un'istruzione select, in questo modo:
DECLARE @sql AS VARCHAR(MAX)='';
SELECT @sql = @sql +
'ALTER INDEX ' + sys.indexes.name + ' ON ' + sys.objects.name + ' DISABLE;' +CHAR(13)+CHAR(10)
FROM
sys.indexes
JOIN
sys.objects
ON sys.indexes.object_id = sys.objects.object_id
WHERE sys.indexes.type_desc = 'NONCLUSTERED'
AND sys.objects.type_desc = 'USER_TABLE';
EXEC(@sql);
I caratteri 13 e 10 sono i ritorni di avanzamento riga/carriage, quindi puoi controllare l'output sostituendo EXEC
con PRINT
e sarà più leggibile.