La mia ipotesi migliore è che questo non sia un bug, ma una caratteristica di Sql 2012.;-) In altri contesti, saresti felice di conservare i tuoi cr-lf, come quando copi un grosso pezzo di testo. È solo che non funziona bene nella tua situazione.
Puoi sempre rimuoverli nella tua selezione. Questo renderebbe la tua query come intendi in entrambe le versioni:
select REPLACE(col, CHAR(13) + CHAR(10), ', ') from table
