Si può fare! Tuttavia devi configurare in modo specifico SSMS per utilizzare l'output tra virgolette, perché per qualche stupido motivo non è l'impostazione predefinita.
Nella finestra della query che desideri salvare vai su Query -> Opzioni di query...
Seleziona la casella "stringhe di virgolette contenenti separatori di elenco durante il salvataggio dei risultati .csv".
poi
select 'apple,banana,cookie' as col1,1324 as col2,'one two three' as col3,'a,b,"c",d' as col4
produrrà
col1,col2,col3,col4
"apple,banana,cookie",1324,one two three,"a,b,""c"",d"
che è ciò che tutti vogliamo.