Di solito si tratta di differenze di impostazione SET, che portano a piani diversi. In Management Studio la procedura è probabilmente in esecuzione con lo stesso impostazioni come erano al momento della creazione.
Dai un'occhiata a sys.dm_exec_sessions per la tua applicazione ASP.Net e per la tua sessione SSMS. Azzarderò a indovinare che almeno uno dei tuoi SET le impostazioni sono diverse. Questo può contribuire a piani diversi (alla fine questo viene attribuito allo sniffing dei parametri) e il lato app di solito finisce peggio.
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