Questo potrebbe non essere il più efficiente, ma vorrei creare una tabella temporanea per contenere i risultati del processo memorizzato e quindi utilizzarlo in un join rispetto alla tabella di destinazione. Ad esempio:
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t