Rimuovere lo spazio vuoto finale nel contenuto di un campo

Sei sicuro che la query non funzioni? Prova:

SELECT TOP 100 '~'+ t.notes +'~'
  FROM TABLE1 t

TOP 100 limiterà i risultati alle prime 100 righe, abbastanza per avere un'idea se c'è davvero uno spazio nell'output. Se c'è e RTRIM/LTRIM non lo sta rimuovendo, allora non hai a che fare con uno spazio vuoto. In tal caso, prova:

UPDATE TABLE1
  SET notes = REPLACE(notes, 
                      SUBSTRING(notes, PATINDEX('%[^a-zA-Z0-9 '''''']%', notes), 1), 
                      '')
WHERE PATINDEX('%[^a-zA-Z0-9 '''''']%', notes) <> 0