Hai ragione, System.Data non è lì (ho cercato la stessa cosa quando ho iniziato a fare casino con WinRT). Non sarai nemmeno in grado di fare riferimento. Se vuoi parlare con un database SQL, dovrai utilizzare una sorta di altro protocollo (WebService, SOAP, WCF, ecc.).
Ci sono porte per SQLite disponibili che sembrano funzionare che ti daranno un'opzione DB locale ma non una basata su server senza usare una sorta di intermediario per arrivare al DB.
Come nota a margine, personalmente mi sarebbe piaciuto vedere un'app Metro desktop in grado di connettersi a un database SQL Express, ad esempio, ma al momento non è nelle carte senza saltare attraverso i cerchi.
