Per eseguire il backup di un singolo database dalla riga di comando, utilizzare osql o sqlcmd.
"C:\Program Files\Microsoft SQL Server\90\Tools\Binn\osql.exe"
-E -Q "BACKUP DATABASE mydatabase TO DISK='C:\tmp\db.bak' WITH FORMAT"
Ti consigliamo inoltre di leggere la documentazione su BACKUP e RESTORE e le procedure generali.