Dipende davvero da come intendi accedere all'albero.
Una tecnica intelligente consiste nell'assegnare a ogni nodo un id stringa, in cui l'id del genitore è una sottostringa prevedibile del figlio. Ad esempio, il genitore potrebbe essere '01' e i figli sarebbero '0100', '0101', '0102', ecc. In questo modo puoi selezionare un intero sottoalbero dal database contemporaneamente con:
SELECT * FROM treedata WHERE id LIKE '0101%';
Poiché il criterio è una sottostringa iniziale, un indice nella colonna ID velocizzerebbe la query.