È possibile utilizzare un oggetto Array come parametro nell'annotazione Spring Repository @Query?

Usa una raccolta invece di una matrice (Set<String> ) e assicurati che non sia vuoto (altrimenti la query non sarà valida.

Inoltre, non c'è motivo di utilizzare una query nativa per questo e non dovresti avere parentesi attorno al parametro:

@Query("SELECT l1 FROM Location l1 WHERE l1.node.id IN :ids")
List<Location> findLocationsByNodeIds(@Param("ids") Set<String> ids);