Molto probabilmente ci sono alcune query che creano file temporanei di grandi dimensioni che riempiono temporaneamente il tuo disco rigido. Questi file verranno eliminati non appena la query è stata eseguita (o non è riuscita), quindi il file system ha spazio libero sufficiente quando guardi.
Imposta log_temp_files = 10240
in postgresql.conf
(e ricaricare) per registrare tutti i file temporanei che superano i 10 MB, quindi puoi controllare il file di registro per vedere se questo è davvero il motivo.
Prova a identificare le query errate e a risolverle.
Se i file temporanei non sono il problema, forse lo sono le tabelle temporanee. Vengono eliminati automaticamente al termine della sessione del database. La tua applicazione utilizza tabelle temporanee?
Un'altra possibilità potrebbero essere file creati da qualcos'altro oltre al database.