L'unico modo in cui potrebbe accadere è che MariaDB abbia un bug perché una volta che un Tx modifica un record, lo bloccherà finché non esegue il commit o il rollback. Altri Tx bloccherebbero l'AGGIORNAMENTO a causa del blocco, ma la condizione deve essere rivalutata dopo il rilascio del blocco.
Prova a passare a READ_COMMITTED e vedi se risolve il problema. Potrebbe trattarsi di un'anomalia REPEATABLE_READ.