L'uso di ~ suggerisce che stai usando Postgres. In tal caso, le due query stanno facendo cose molto diverse. In Postgres, non includi la tabella in aggiornamento nel from clausola.
Quindi, penso che tu voglia:
update fromemailaddress
set call = true
from email
where email.fromemailaddress = fromemailaddress.fromemailaddress and
LOWER(email.subject) ~ 'tester';
La tua versione sta aggiornando tutte le righe in fromemailaddress perché non ci sono condizioni per collegare fromemailaddress nell'update clausola e fea nel from clausola.
Nota anche:il left join non è necessario perché where la clausola lo trasforma comunque in un inner join.