Bene, per ogni riga in "gruppi", postgresql esegue una scansione completa di product_categories, il che non va bene. Non necessariamente un problema di configurazione, ma forse la query potrebbe essere dichiarata senza nidificare sottoquery del genere?
SELECT count(DISTINCT "groups".id) AS count_all
FROM "groups"
WHERE exists(
select 1 from products p where groups.id = p.group_id
join products_categories pc on pc.product_id = p.id
where pc.category_id in (2,3)
) and groups.id <> 3
Fa anche products_categories
avere un indice su product_id
?