Come calcolare un conteggio non gonfiato da una tabella denormalizzata

È necessario un identificatore di riga distinto nella prima tabella, forse tra le altre colonne. Può essere una o più colonne. Quindi puoi usare count(distinct) :

select tree_id,
       count(distinct <unique row column>) filter (where count_if_true)
from t
group by tree_id;