Runtime.getRuntime().exec per passare il parametro quando richiesto

Puoi aprire l'OutputStream del processo e passare la passphrase che verrà letta dal server come se provenisse da STDIN.

final Process startServer = Runtime.getRuntime().exec("PostgreQL -D data/dir/ start");
PrintStream ps = new PrintStream(startServer.getOutputStream());
ps.println(passPhrase);