Come costruiamo una tabella normalizzata da un file di testo denormalizzato?

Usando gnu awk (a causa della RS)

awk '{$1=$1} NR%2==1 {printf "%s,",$0} NR%2==0' RS="[,\n]" file
XXXXXXXXXX,YYYYYYYYYY
TTTTTTTTTTT,UUUUUUUUUU
RRRRRRRRR,JJJJJJJJJ
111111111111,22222222222
333333333333,44444444
5555555,666666
EEEEEEEE,WWWWWW
QQQQQQQ,PPPPPPPP

{$1=$1} Pulisce e rimuove gli spazi extra
NR%2==1 {printf "%s,",$0} stampa le parti dispari
NR%2==0 stampa anche parte e nuova riga
RS="[,\n]" imposta il record su , o nuova riga