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Come configurare pgAdmin III per aprire il database predefinito e selezionare il nodo delle tabelle all'avvio?

Esiste un'opzione correlata:Ripristina ambiente . È acceso per impostazione predefinita.

Apri il menu contestuale per una connessione (chiusa) e vai alla scheda "Avanzate". Cito il manuale di pgAdmin 1.16 qui :

Non fissa per sempre uno stato in particolare, ma riapre da dove l'hai lasciato. Dato che ti trovi nello stesso punto il 99% delle volte, dovrebbe funzionare bene per te.

Il tuo secondo problema (browser che perde la messa a fuoco dopo la modifica del DDL) è un bug della versione corrente per quanto ne so.