Esiste un'opzione correlata:Ripristina ambiente . È acceso per impostazione predefinita.
Apri il menu contestuale per una connessione (chiusa) e vai alla scheda "Avanzate". Cito il manuale di pgAdmin 1.16 qui :
Non fissa per sempre uno stato in particolare, ma riapre da dove l'hai lasciato. Dato che ti trovi nello stesso punto il 99% delle volte, dovrebbe funzionare bene per te.
Il tuo secondo problema (browser che perde la messa a fuoco dopo la modifica del DDL) è un bug della versione corrente per quanto ne so.