Alla fine l'ho fatto in questo modo:
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Esporta in dump con:
pg_dump -f dumpfile.sql --column-inserts -a -n <schema> -U <username> <dbname>
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Imposta skip univoco per tutte le tabelle
CREATE OR REPLACE RULE skip_unique AS ON INSERT TO <table> WHERE (EXISTS (SELECT 1 FROM <table> WHERE users.id = new.id)) DO INSTEAD NOTHING
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Importa con
psql
\i <dumpfile.sql>