Mi rendo conto che questa è una domanda piuttosto vecchia, ma per altri che potrebbero finire qui potresti anche implementare una strategia di denominazione personalizzata, quando imposti la tua sessione di fabbrica dovresti aggiungere:
Fluently.Configure(new Configuration()
.SetNamingStrategy(new CustomNamingStrategy()))...
In CustomNamingStrategy, implementa l'interfaccia NHibernate.Cfg.INamingStrategy e per tutti i metodi fondamentalmente restituisci i parametri tra virgolette.