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Posso usare EXCEPTIONs in un FOR LOOP per forzare la continuazione in caso di errore?

Sì. Puoi inserire il carico utile in un blocco di codice separato con la gestione delle eccezioni:

FOR temp_rec IN tlcursor LOOP
   tl2 := temp_rec; --the location to be updated
   --Do the Routing and UPDATE the taxilocs row.
   BEGIN
      UPDATE taxilocs20120113 
      SET    route = pgr_trsp (
      'SELECT * FROM th_2po_4pgr',
      tl1.map_id, tl1.map_pos, tl2.map_id, tl2.map_pos, false, true);
   EXCEPTION WHEN OTHERS THEN
      -- keep looping
   END;
    tl1 := tl2;
END LOOP;

C'è un esempio nel manuale .

Ma non riesco a capire perché assegni tl2 primo (anziché tl1 ), che è destinato a causare un'eccezione alla prima iterazione del ciclo. Puoi evitare il problema a priori utilizzando un FOR ciclo e invece di un cursore esplicito in combinazione con una query avanzata. Vedi sotto.

Inoltre, il tuo UPDATE non ha WHERE condizione, che è quasi certamente sbagliata.

E la funzione pgr_trsp() sembra a dir poco sospetto. Il passaggio del codice come testo puzza di SQL injection. Questa risposta correlata su dba.SE ha una valutazione di SQLi in plpgsql:
Funzioni Postgres e query preparate

Funzione controllata nella domanda aggiornata

Riscrivere il codice per utilizzare la logica basata sugli insiemi invece del ciclo potrebbe essere più pulito e veloce. Per cominciare, puoi semplificare in qualcosa del genere (sempre con un ciclo, ma semplificato):

CREATE OR REPLACE FUNCTION fm_seqrouting()
  RETURNS integer AS
$func$
DECLARE 
   r record;
BEGIN
FOR r IN 
   SELECT oid                                -- no proper pk?
         ,th_2po_4pgr_id                     AS map_id1
         ,th_2po_4pgr_position               AS map_pos1
         ,lead(th_2po_4pgr_id)       OVER w  AS map_id2
         ,lead(th_2po_4pgr_position) OVER w  AS map_pos2
         ,count(*)                   OVER () AS ct
   FROM   testlocs
   WINDOW w AS (ORDER BY veh_id, dt)
   ORDER  BY veh_id, dt              -- you don't need order by columns in result
LOOP
   BEGIN -- may be unnecessary
      UPDATE taxilocs20120113 
      SET    "pgRoute" = pgr_trsp(
                'SELECT * FROM th_2po_4pgr'
               ,r.last_map_id, r.last_map_pos, r.map_id, r.map_pos, false, true)
      WHERE  taxilocs20120113.oid = r.oid;
   EXCEPTION
      WHEN SQLSTATE '55000' THEN NULL;
      WHEN SQLSTATE 'XX000' THEN NULL;
      WHEN SQLSTATE '38001' THEN NULL;
   END;
END LOOP;

RETURN r.ct;

END
$func$  LANGUAGE plpgsql;

In particolare, utilizzando ...