Flyway opera sempre all'interno del database utilizzato nella stringa di connessione jdbc.
Una volta connessi, tutti gli script vengono eseguiti all'interno di una transazione. Poiché CREATE DATABASE non è supportato all'interno delle transazioni, non sarai in grado di ottenere ciò che desideri.
Quello che puoi fare, tuttavia, è invece creare uno schema. Flyway lo farà anche per te, se lo punti su uno inesistente.