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Come creare un database con flyway?

Flyway opera sempre all'interno del database utilizzato nella stringa di connessione jdbc.

Una volta connessi, tutti gli script vengono eseguiti all'interno di una transazione. Poiché CREATE DATABASE non è supportato all'interno delle transazioni, non sarai in grado di ottenere ciò che desideri.

Quello che puoi fare, tuttavia, è invece creare uno schema. Flyway lo farà anche per te, se lo punti su uno inesistente.