Probabilmente puoi farlo dalla riga di comando senza usare i file:
pg_dump -U user --schema='fromschema' database | sed 's/fromschmea/toschema/g' | psql -U user -d database
Nota che questo cerchi e sostituisca tutte le occorrenze della stringa che è il nome del tuo schema, quindi potrebbe influire sui tuoi dati .