PostgreSQL
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Utilizzo delle funzioni della finestra in un'istruzione di aggiornamento

L'errore è di Postgres non di Django. Puoi riscriverlo come:

WITH v_table_name AS
(
    SELECT row_number() over (partition by col2 order by col3) AS rn, primary_key
    FROM table_name
) 
UPDATE table_name set table_name.col1 = v_table_name.rn
FROM v_table_name
WHERE table_name.primary_key = v_table_name.primary_key;  

O in alternativa:

UPDATE table_name set table_name.col1 = v_table_name.rn
FROM  
(
    SELECT row_number() over (partition by col2 order by col3) AS rn, primary_key
    FROM table_name
) AS v_table_name
WHERE table_name.primary_key = v_table_name.primary_key;

Questo funziona. L'ho appena testato su Postgres-9.6. Ecco la sintassi per UPDATE (vedi il fromlist facoltativo ).

Spero che questo aiuti.