L'approccio con jsonb_array_elements
e jsonb_set
era l'idea giusta, ma in qualche modo li hai annidati nel modo sbagliato:
UPDATE myTable SET myColumn = jsonb_set(myColumn, '{A}', (
SELECT jsonb_agg( element || '{"myArray":[]}' )
FROM jsonb_array_elements(myColumn -> 'A') element
));
A proposito, se la tua colonna ha già jsonb
tipo di dati, non dovresti aver bisogno di cast.