Usa lo stesso approccio che hai descritto, ma DELETE
(o raggruppare, o modificare...) duplicare PK
nella tabella temporanea prima di caricare nella tabella principale.
Qualcosa come:
CREATE TEMP TABLE tmp_table
ON COMMIT DROP
AS
SELECT *
FROM main_table
WITH NO DATA;
COPY tmp_table FROM 'full/file/name/here';
INSERT INTO main_table
SELECT DISTINCT ON (PK_field) *
FROM tmp_table
ORDER BY (some_fields)
Dettagli:CREATE TABLE AS
, COPY
, DISTINCT ON