Ok, penso che il tuo problema sia che stai usando AJAX per scaricare il file.
Non è possibile scaricare file utilizzando AJAX (o meglio - JS) in modo normale. Sai, c'è un buco troppo grande perché gli exploit lo consentano (credo di sì) - comunque non esiste tale possibilità.
Ci sono soluzioni alternative però. Uno di questi è la creazione dinamica di iframe nascosti sulla pagina e la modifica della sua posizione nello script di download. Quindi non stai utilizzando JS per il download, ma semplici funzionalità del browser.
Un altro modo è descritto in questa pagina:
http://www.filamentgroup.com/lab/jquery_plugin_for_requesting_ajax_like_file_downloads/
Mybe ti sarà di aiuto.
