Dai un'occhiata alle risposte a questa domanda per leggere le righe dei file e dividerle in blocchi. So che la domanda dice Groovy:ma la maggior parte delle risposte sono Java. Quindi inserisci i valori che hai recuperato tramite JDBC.
In realtà, poiché il tuo file di dati è ovviamente CSV, potresti anche usare una libreria CSV come OpenCSV per leggere i valori.