Come posso modificare tutte le tabelle nel mio database per utilizzare AUTO_INCREMENT=1

Per modificare il valore del contatore AUTO_INCREMENT da utilizzare per le nuove righe, procedere come segue:

ALTER TABLE `table_name` AUTO_INCREMENT = 1;

Per aggiornare tutte le tue 31 tabelle puoi usare questo script php:

<?php
$tables = array('table1','table2','tableX'); //continue here
foreach($tables as $update)
{
     mysql_query("ALTER TABLE `".$update."` AUTO_INCREMENT = 1;");
}
?>