mysqlimport cmdline-tool supporta l'importazione di file CSV e IIRC supporta la mappatura di diverse colonne in CSV in diverse colonne della tabella.
http://linux.die.net/man/1/mysqlimport
Mi rendo conto che è solo un wrapper di riga cmd per l'istruzione LOAD DATA INFILE sql, che può essere utilizzata invece.
Se hai bisogno di riorganizzare i dati, puoi semplicemente importare il csv flat in una tabella equivalente, e da lì, inserisci ... seleziona da
